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벼랑끝 바이오 매드 컴퓨터 사이언티스트

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MorganCircularfingerprint (2)
[꿀팁] rdkit Morgan Circular Fingerprint를 CSV등의 엑셀 파일로 export할때는 string형태로 변환한 뒤에 Export하자

안그러면 아래와 같은 형태로 export된다. 그리고 rdkit object에는 바로 str변환이 불가능한 것 같다. 다음처럼 .ToBitString()이라는 메서드로 한번 변환한 뒤에 str()으로 감싸서 변환해주자. def bitvect_to_str(bitvect): temp = str(bitvect.ToBitString()) temp = "\t".join(temp) return temp # Apply the function to convert the 'MorganFingerprint' column to a list of 0s and 1s df['morgan_fp_r2'] = df['morgan_fp_r2'].apply(bitvect_to_str) # Now the 'MorganFingerprint'..

Computer/코딩 개꿀팁 2023. 7. 25. 21:27
Morgan fingerprint, Morgan circular fingerprint?

AI 신약개발 분야에서 공부하다보면 finger print라는 단어를 많이 보게 된다. 우리가 각각의 사람들마다 서로다른 지문(finger print)를 가지고 있듯 chemical들도 각각의 finger print를 부여해 서로 구분할 수 있도록 하자는 개념이다. 서로간의 chemical similarity를 구분짓기 위해 수많은 chemical들을 Morgan algorithm으로 분석하여 circular substructures 또는 circular fingerprints들을 구성한다. 그리고 각각의 chemical의 시퀀스를 알고리즘을 통해 분석하여 해당 chemical 시퀀스에 존재하는 circular substructure는 1로, 존재하지 않으면 0으로 나타낸다. 예를 들어보자 CH3CH2O..

Background/Biology 2023. 4. 16. 21:18
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