벼랑끝 바이오 매드 컴퓨터 사이언티스트

https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jcim.5c00410항체-단백질 복합체 데이터셋 생산에 대한 논문을 작성중이라 관련 논문을 찾아 읽어볼 필요가 있어서 정리해본다. 아마 이 논문이 우리가 진행하려던 아이디어와 상당부분 유사하기에 번역하듯 조금 꼼꼼히 읽으려한다. 1. Introduction1. Antibody 구조설명 VL, VH, Fab, Fc, Fv, CDRs (1~3) 2. Antibody의 CDR을 computational method를 통해서 optimization 해온 역사특히 AI 기반이면서 structure-based model들이 가장 유망한 결과를 보임 그러나 데이터의 부재를 문제점으로 지적함3. 현존하는 DB들의 문제점을 언급PDB에 antibody-..

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.07.10.499510v5 Antigen-Specific Antibody Design and Optimization with Diffusion-Based Generative Models for Protein StructuresAntibodies are immune system proteins that protect the host by binding to specific antigens such as viruses and bacteria. The binding between antibodies and antigens is mainly determined by the complementarity-determining regio..

간단 요약 1. 모델이름 : HyperAttentionDTI 2. 저널 : Bioinformatics(IF 6.0 ~ 7.0) 3. Published date : 2022 / 02 4. BenchMark Datasets : DrugBank, Davis, KIBA 5. Main model architectures : Compound : chracterwise Embedding + stacked 1D-CNN Protien : chracterwise Embedding + stacked 1D-CNN Drug-Protein Cross-Attention Global Max Pooling 6. Interaction map idea : simple concatenation btw. drug, prot represent..