벼랑끝 바이오 매드 컴퓨터 사이언티스트

이번에 읽어볼 나노바디 리뷰 논문이다. 2월달 내내 관련된 리뷰 페이퍼와 Antibody, Nanobody 생성모델에 관련된 top tier conference/ journal의 논문들을 가능한 많이 읽어볼 생각이다. (라고하는 지금 이 시점에서 당장 다음주 내내 일본으로 여행을 다녀올 예정인 나..)1. IntroductionAntibody는 참 좋은 tool로 사용된다. 특히 연구분야, 진단분야, 치료제분야에서 사용되며 특히 Target Ag에 상당히 specific하고 강하게 binding한다는 특성 때문에 선호된다. 그런데 문제가, 아무래도 conventional Ab (Ab)는 Heavy Chain (HC)와 Light Chain (LC)으로 구성되고 단백질 자체가 박테리아등에서 생산하기에는 약..

https://doi.org/10.1146/annurev-biochem-063011-092449나노바디 연구를 위한 전반적인 구조 및 기능, 생물학적 특성들과 applications들에 대한 reivew 페이퍼로 25년 2월 기준 citation을 2400회를 기록중인 Nanobody에 대한 바이블같은 리뷰 논문이다. 읽어가며 차근차근 개념을 정리하자. 나도 매번 Ab, Nb 구조들은 약어로 나타내는 통에 하도 헷갈려서 안되겠어서 정리하는 겸사 읽어본다.https://biomadscientist.tistory.com/160 나노바디 (Nanobody)리뷰 (1) 구조적 특징https://doi.org/10.1146/annurev-biochem-063011-092449나노바디 연구를 위한 전반적인 구조 및..

https://doi.org/10.1146/annurev-biochem-063011-092449나노바디 연구를 위한 전반적인 구조 및 기능, 생물학적 특성들과 applications들에 대한 reivew 페이퍼로 25년 2월 기준 citation을 2400회를 기록중인 Nanobody에 대한 바이블같은 리뷰 논문이다. 읽어가며 차근차근 개념을 정리하자. 나도 매번 Ab, Nb 구조들은 약어로 나타내는 통에 하도 헷갈려서 안되겠어서 정리하는 겸사 읽어본다. 1. Introduction Mammals (포유류)에서는 2개의 Identical한 Heavy Chain(HC)과 2개의 Identical Light Chain (LC)으로 이루어져있는 Immunoglobulin-Gamma (IgG) 가 상당히 wel..

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35293269/ Progress and challenges for the machine learning-based design of fit-for-purpose monoclonal antibodies - PubMedAlthough the therapeutic efficacy and commercial success of monoclonal antibodies (mAbs) are tremendous, the design and discovery of new candidates remain a time and cost-intensive endeavor. In this regard, progress in the generation of data des..

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35293269/ Progress and challenges for the machine learning-based design of fit-for-purpose monoclonal antibodies - PubMedAlthough the therapeutic efficacy and commercial success of monoclonal antibodies (mAbs) are tremendous, the design and discovery of new candidates remain a time and cost-intensive endeavor. In this regard, progress in the generation of data des..

앞으로 내 연구 주제는 Nanobody Generative Model의 구축이다. 특히 Diffusion based의 모델해당 연구를 위해서는 nanobody보다 큰 분야인 Antibody generation을 연구해 볼 필요가 있다. 이를 위해 ML-based Antibody Generation을 위해 무엇을 고려해야하는지에 대한 깊은 insight를 줄 수 있을 법한 review 논문을 찾은 것 같아서 해당 논문은 조금 깊게 공부해보려고 한다. Progress and challenges for the machine learning-based design of fit-for-purpose monoclonal antibodieshttps://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35293269/ P..

Diffusion 논문을 공부해본 사람들이면 한번쯤은 봤을 논문이다. 다른거 다 제쳐두고 다음 43~45 equation을 이해하는데 정말이지 2주는 걸린 것 같다. 1. Expectation 아래 q(-) 분포가 왜 갑자기 축소되는가? : 이것은 그나마 이해하기 쉽다. 우선 아래 수식을 노트에 한번 따라써보면서 이해해보자. 다시말하면 E_x~q(x),y~p(y),z~h(z)[f(x)] 같은 식이 있다고 할 때, y나 z는 Expectation내부 함수 f(x)에 전혀 영향을 주지 않는 변수이므로 아예 식에서 제외해버려도 상관 없다. 정말 직관적으로 생각하자면 Expectation [...] 에 들어가지 않는 변수들은 모두 제거해도 된다는 의미이다. 따라서 각 Expectation 내부에 있는 함수에 포..

https://biomadscientist.tistory.com/141 VAEs 이해를 위한 배경지식 (1) Markov Chain Monte Carlo(MCMC) 마코프체인-몬테카를로 Markov Chain https://www.youtube.com/watch?v=i3AkTO9HLXo https://www.youtube.com/watch?v=yApmR-c_hKU https://www.youtube.com/watch?v=5QAfQZjCrRM Stationary Distribution(Stationary States) https://www.youtube.com/watch?v=4sXiCxZDrTU 2024년부터는 생성 biomadscientist.tistory.com 지난 번 포스팅에서는 VAEs를 이해하기..

Markov Chain https://www.youtube.com/watch?v=i3AkTO9HLXo https://www.youtube.com/watch?v=yApmR-c_hKU https://www.youtube.com/watch?v=5QAfQZjCrRM Stationary Distribution(Stationary States) https://www.youtube.com/watch?v=4sXiCxZDrTU 2024년부터는 생성모델에 대한 연구를 하기 위해서 Generative model의 할애비뻘 된다 할 수 있는 VAEs 논문부터 시작해서 아버지뻘 되는 Diffusion과 아들뻘되는 DDPM 논문까지 빠르게 공부하고 생성모델 연구로 뛰어드는 한 해가 되려 한다. 나는 객관적으로, 주관적으로 봐도 ..

https://www.youtube.com/watch?v=VH0TZlkZPRo Jacobi iteration method 보통 linear algebra에서 Ax = b 형태의 문제를 푸는데 A, x, b 의 사이즈가 커지면 커질수록 time complexity와 memory complexity가 기하급수적으로 커지게 된다. 따라서 이러한 경우 문제를 jacobi iteration 방법을 통해서 x를 approximation하여 훨씬 효율적으로 문제를 풀 수 있도록 한다. Diagonally Dominant Matrix Jacobi method는 Matrix A가 Diagonally dominant 할 때만 사용하는 것이 좋다고 한다. 그렇지 않을때는 오히려 iteration에 의해서 찾고자 하는 sol..