벼랑끝 바이오 매드 컴퓨터 사이언티스트

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35293269/ Progress and challenges for the machine learning-based design of fit-for-purpose monoclonal antibodies - PubMedAlthough the therapeutic efficacy and commercial success of monoclonal antibodies (mAbs) are tremendous, the design and discovery of new candidates remain a time and cost-intensive endeavor. In this regard, progress in the generation of data des..

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35293269/ Progress and challenges for the machine learning-based design of fit-for-purpose monoclonal antibodies - PubMedAlthough the therapeutic efficacy and commercial success of monoclonal antibodies (mAbs) are tremendous, the design and discovery of new candidates remain a time and cost-intensive endeavor. In this regard, progress in the generation of data des..

앞으로 내 연구 주제는 Nanobody Generative Model의 구축이다. 특히 Diffusion based의 모델해당 연구를 위해서는 nanobody보다 큰 분야인 Antibody generation을 연구해 볼 필요가 있다. 이를 위해 ML-based Antibody Generation을 위해 무엇을 고려해야하는지에 대한 깊은 insight를 줄 수 있을 법한 review 논문을 찾은 것 같아서 해당 논문은 조금 깊게 공부해보려고 한다. Progress and challenges for the machine learning-based design of fit-for-purpose monoclonal antibodieshttps://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35293269/ P..

한동안 블로그 관리를 할 수가 없었다.태어나 처음으로 해외 저널에 논문을 제출해봤고, 리비전을 해봤고, 이제는 정말 SCIE급의 논문을 하나라도 가지고싶다는 생각으로 열심히 공부하고, 준비하다보니 블로그를 생각할 여력이 없더라.나름대로 이제 두편의 SCIE급 논문을 제출했고, 하나는 리비전스텝을 밟고 있고, 나머지 하나는 제출만 되어있는 상태이다. 리비전중인 논문은 IF 7.0의 나름 내가 쓴 논문의 수준치고 생각보다 높은 수준의 저널이라 기대를 하는중이고 (물론, 리비전 이후에도 떨어질 수 있다는건 각오하고 있다) 나머지 한편은 clinical data를 이용한 통계분석을 진행한 논문이라 신경외과쪽 의사분들이 주로 참고하는 논문이라 IF자체는 1.9로 낮지만 SCIE급에 포함되어 나름 해당 분야에서는 ..

Sudo 계정으로 로그인 필요 sudo du -sh /home/*sudo 계정 비밀번호 입력하면 확인가능 맨날까먹어서 적어둠

나의 경우, 함수의 이름과 함수의 결과값을 받을 변수의 이름을 완전히 동일하게 설정해놓은 오류를 범하고 있었다. 리턴되는 값을 저장할 변수의 이름을 바꿔주니 해결되었다.

전혀 감도 안오는 에러가 뜨길래 약간 쫄았는데 나도 짬이 얼추 찼나보다. 금방 해?결 했다. torch의 DataLoader를 설정하는 부분에서 num_workers를 0이 아닌 다른 값을 전달했다면 0으로 바꿔보고 다시 실행해보자. test_loader = DataLoader( test_set, batch_sampler=test_sampler, num_workers=0, # 이 값을 0 이외의 숫자로 전달하지 않았는지 확인하자. pin_memory=True, collate_fn=test_sampler.episodic_collate_fn, )

위와 같이 torch의 DataLoader를 사용해서 데이터를 iteration 할때 매번 뭔가 이상하게 KeyError 값이 변하면서 데이터 확인이 안되고 에러가 나고 있다. 이때 만약 내 데이터가 Pandas의 DataFrame 타입이라면 torch.Dataset으로 train_dataset으로 만들어주는 코드에서 iloc를 빼먹지 않았는지 확인해보자 class BinaryDataset(Dataset): def __init__(self, feature, target): self.feature = feature self.target = target def __len__(self): return len(self.target) def __getitem__(self, idx): return self.feat..

Diffusion 논문을 공부해본 사람들이면 한번쯤은 봤을 논문이다. 다른거 다 제쳐두고 다음 43~45 equation을 이해하는데 정말이지 2주는 걸린 것 같다. 1. Expectation 아래 q(-) 분포가 왜 갑자기 축소되는가? : 이것은 그나마 이해하기 쉽다. 우선 아래 수식을 노트에 한번 따라써보면서 이해해보자. 다시말하면 E_x~q(x),y~p(y),z~h(z)[f(x)] 같은 식이 있다고 할 때, y나 z는 Expectation내부 함수 f(x)에 전혀 영향을 주지 않는 변수이므로 아예 식에서 제외해버려도 상관 없다. 정말 직관적으로 생각하자면 Expectation [...] 에 들어가지 않는 변수들은 모두 제거해도 된다는 의미이다. 따라서 각 Expectation 내부에 있는 함수에 포..

또 이놈의 윈도우11이 문제다. 어느날 갑자기 윈도우 파일 탐색기가 비정상적으로 느려짐 win + shift + s 눌러서 캡쳐프로그램 켜면 컴퓨터 화면이 먹통이 되면서 아무것도 클릭되지 않음 메모장이 켜지지 않음 해결하려 했던 노력 1. 윈도우 서비스탭에서 windows search 재시작 결과 : 실패 증상 : window search 오류 1067 프로세스가 예기치 않게 종료되었습니다 이런 에러가 뜨면서 재시작 안됨 재부팅을 해봐도 탐색기 느려진 것은 돌아오지 않았음. 마이크로소프트에서 제공하는 답변은 지금까지 단 한번도 나에게 도움이 된 적이 없음 cmd에서 뭐 해보라해서 그대로 따라해봤지만 역시나 도움 안됨. 윈도우 복원을 통해서 무슨 업데이트 전으로 복원해보려 했는데 복원도 실패함 2. 색인 ..