벼랑끝 바이오 매드 컴퓨터 사이언티스트

이번에 읽어볼 나노바디 리뷰 논문이다. 2월달 내내 관련된 리뷰 페이퍼와 Antibody, Nanobody 생성모델에 관련된 top tier conference/ journal의 논문들을 가능한 많이 읽어볼 생각이다. (라고하는 지금 이 시점에서 당장 다음주 내내 일본으로 여행을 다녀올 예정인 나..)1. IntroductionAntibody는 참 좋은 tool로 사용된다. 특히 연구분야, 진단분야, 치료제분야에서 사용되며 특히 Target Ag에 상당히 specific하고 강하게 binding한다는 특성 때문에 선호된다. 그런데 문제가, 아무래도 conventional Ab (Ab)는 Heavy Chain (HC)와 Light Chain (LC)으로 구성되고 단백질 자체가 박테리아등에서 생산하기에는 약..

https://doi.org/10.1146/annurev-biochem-063011-092449나노바디 연구를 위한 전반적인 구조 및 기능, 생물학적 특성들과 applications들에 대한 reivew 페이퍼로 25년 2월 기준 citation을 2400회를 기록중인 Nanobody에 대한 바이블같은 리뷰 논문이다. 읽어가며 차근차근 개념을 정리하자. 나도 매번 Ab, Nb 구조들은 약어로 나타내는 통에 하도 헷갈려서 안되겠어서 정리하는 겸사 읽어본다.https://biomadscientist.tistory.com/160 나노바디 (Nanobody)리뷰 (1) 구조적 특징https://doi.org/10.1146/annurev-biochem-063011-092449나노바디 연구를 위한 전반적인 구조 및..

https://doi.org/10.1146/annurev-biochem-063011-092449나노바디 연구를 위한 전반적인 구조 및 기능, 생물학적 특성들과 applications들에 대한 reivew 페이퍼로 25년 2월 기준 citation을 2400회를 기록중인 Nanobody에 대한 바이블같은 리뷰 논문이다. 읽어가며 차근차근 개념을 정리하자. 나도 매번 Ab, Nb 구조들은 약어로 나타내는 통에 하도 헷갈려서 안되겠어서 정리하는 겸사 읽어본다. 1. Introduction Mammals (포유류)에서는 2개의 Identical한 Heavy Chain(HC)과 2개의 Identical Light Chain (LC)으로 이루어져있는 Immunoglobulin-Gamma (IgG) 가 상당히 wel..

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35293269/ Progress and challenges for the machine learning-based design of fit-for-purpose monoclonal antibodies - PubMedAlthough the therapeutic efficacy and commercial success of monoclonal antibodies (mAbs) are tremendous, the design and discovery of new candidates remain a time and cost-intensive endeavor. In this regard, progress in the generation of data des..

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35293269/ Progress and challenges for the machine learning-based design of fit-for-purpose monoclonal antibodies - PubMedAlthough the therapeutic efficacy and commercial success of monoclonal antibodies (mAbs) are tremendous, the design and discovery of new candidates remain a time and cost-intensive endeavor. In this regard, progress in the generation of data des..

앞으로 내 연구 주제는 Nanobody Generative Model의 구축이다. 특히 Diffusion based의 모델해당 연구를 위해서는 nanobody보다 큰 분야인 Antibody generation을 연구해 볼 필요가 있다. 이를 위해 ML-based Antibody Generation을 위해 무엇을 고려해야하는지에 대한 깊은 insight를 줄 수 있을 법한 review 논문을 찾은 것 같아서 해당 논문은 조금 깊게 공부해보려고 한다. Progress and challenges for the machine learning-based design of fit-for-purpose monoclonal antibodieshttps://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35293269/ P..

AI 신약개발 분야에서 공부하다보면 finger print라는 단어를 많이 보게 된다. 우리가 각각의 사람들마다 서로다른 지문(finger print)를 가지고 있듯 chemical들도 각각의 finger print를 부여해 서로 구분할 수 있도록 하자는 개념이다. 서로간의 chemical similarity를 구분짓기 위해 수많은 chemical들을 Morgan algorithm으로 분석하여 circular substructures 또는 circular fingerprints들을 구성한다. 그리고 각각의 chemical의 시퀀스를 알고리즘을 통해 분석하여 해당 chemical 시퀀스에 존재하는 circular substructure는 1로, 존재하지 않으면 0으로 나타낸다. 예를 들어보자 CH3CH2O..

내가 다루는 데이터는 Target Protein - SMILES seq - pKa Value로 구성된 triplet structure의 dataframe이다. 그런데 문득 그런 생각이 들었다. 내가 공부를 하면서 주로 Y 값(여기서는 pKa)으로는 Kd Ki 또는 IC50 EC50 value를 사용하는데 왜 내가 가진 데이터는 pKa값을 사용하는가? 나는 pKa값을 어떤 물질의 산성도를 나타내는 척도? 정도로 사용된다는 애매모호한 값으로만 기억하고 있었다, 부끄러운 일이지만 실제 생물 실험방에서는 pH 미터기를 사용하지 pKa 미터기를 사용하는 일이 없었기 때문에 pH에 대해서는 기억하더라도 pKa를 기억하고 있을 이유가 없었기 때문이다. 그러나 Biological CS분야의 연구에서 이렇게 Drug-T..