벼랑끝 바이오 매드 컴퓨터 사이언티스트

본 포스팅은 SO(3) group과 so(3) group의 면밀한 대수학, 공학적 개념에 대해서는 따로 다루지 않고 이해를 위해 직관적으로만 이야기합니다. 본인이 애초에 수학이나 로봇공학 전공자가 아니라 완벽하게 이해할 수도 없고 그런 수준의 이해를 요하지 않는 연구를 하고 있기 때문입니다😅일단은 둘 다 '3차원 공간상의 강체(또는 그냥 물체) 회전을 표현하기 위한 3x3 행렬을 의미한다'고 이해하고 넘어갑시다.이때 SO(3) group의 행렬을 R이라고 하고 so(3) group의 행렬을 S라고 하겠습니다. 이 둘의 면밀한 차이를 생각하기보다는 저는 다음과 같이 생각하는 편이 이해하기 쉽다고 생각합니다. 굵은 글씨로 표현된 대문자는 행렬을 의미합니다.숫자에는 서수와 기수가 있죠 하나, 둘, 셋으로 셀..

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.07.10.499510v5 Antigen-Specific Antibody Design and Optimization with Diffusion-Based Generative Models for Protein StructuresAntibodies are immune system proteins that protect the host by binding to specific antigens such as viruses and bacteria. The binding between antibodies and antigens is mainly determined by the complementarity-determining regio..

먹을때마다 기록해서 별로인 집 걸러내기, 맛집 찾아다니기특히 짜장면과 떡볶이 위주로 하하하. 가게이름을 ctrl + f로 찾아서 보도록 하자.떡볶이편스텔라 떡볶이 : 떡닭순 시켰는데 가격에 비해 양이 적고 맛도 딱히 뛰어나지 않음 특히 순대랑 치킨 퀄리티가 너무 별로 재주문 의사 없음, 뭔가 후리카게같은 튀김옷이 같이 오는건 좋았음청년분식 : 떡볶이는 지금 일단 여기서만 주구장창 시켜먹는 중, 무엇보다 집앞이라서 네이버 10% 할인 쿠폰 쓰면 가격에 비해 상당한 양이 많이 온다. 마라로제는 굳이? 싶은 맛이었고 로제는 맛있었다. 마라는 2번정도 먹어봤는데 마라 좋아하면 먹어볼 법 한데 나는 '오늘은 마라가 미친듯이 땡긴다' 같은 날이 아니라면 굳이 안시킬듯. 여긴 또 라뽂이가 맛있게, 면 양도 많이 넣어..

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이번에 읽어볼 나노바디 리뷰 논문이다. 2월달 내내 관련된 리뷰 페이퍼와 Antibody, Nanobody 생성모델에 관련된 top tier conference/ journal의 논문들을 가능한 많이 읽어볼 생각이다. (라고하는 지금 이 시점에서 당장 다음주 내내 일본으로 여행을 다녀올 예정인 나..)1. IntroductionAntibody는 참 좋은 tool로 사용된다. 특히 연구분야, 진단분야, 치료제분야에서 사용되며 특히 Target Ag에 상당히 specific하고 강하게 binding한다는 특성 때문에 선호된다. 그런데 문제가, 아무래도 conventional Ab (Ab)는 Heavy Chain (HC)와 Light Chain (LC)으로 구성되고 단백질 자체가 박테리아등에서 생산하기에는 약..

https://doi.org/10.1146/annurev-biochem-063011-092449나노바디 연구를 위한 전반적인 구조 및 기능, 생물학적 특성들과 applications들에 대한 reivew 페이퍼로 25년 2월 기준 citation을 2400회를 기록중인 Nanobody에 대한 바이블같은 리뷰 논문이다. 읽어가며 차근차근 개념을 정리하자. 나도 매번 Ab, Nb 구조들은 약어로 나타내는 통에 하도 헷갈려서 안되겠어서 정리하는 겸사 읽어본다.https://biomadscientist.tistory.com/160 나노바디 (Nanobody)리뷰 (1) 구조적 특징https://doi.org/10.1146/annurev-biochem-063011-092449나노바디 연구를 위한 전반적인 구조 및..

https://doi.org/10.1146/annurev-biochem-063011-092449나노바디 연구를 위한 전반적인 구조 및 기능, 생물학적 특성들과 applications들에 대한 reivew 페이퍼로 25년 2월 기준 citation을 2400회를 기록중인 Nanobody에 대한 바이블같은 리뷰 논문이다. 읽어가며 차근차근 개념을 정리하자. 나도 매번 Ab, Nb 구조들은 약어로 나타내는 통에 하도 헷갈려서 안되겠어서 정리하는 겸사 읽어본다. 1. Introduction Mammals (포유류)에서는 2개의 Identical한 Heavy Chain(HC)과 2개의 Identical Light Chain (LC)으로 이루어져있는 Immunoglobulin-Gamma (IgG) 가 상당히 wel..

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35293269/ Progress and challenges for the machine learning-based design of fit-for-purpose monoclonal antibodies - PubMedAlthough the therapeutic efficacy and commercial success of monoclonal antibodies (mAbs) are tremendous, the design and discovery of new candidates remain a time and cost-intensive endeavor. In this regard, progress in the generation of data des..

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35293269/ Progress and challenges for the machine learning-based design of fit-for-purpose monoclonal antibodies - PubMedAlthough the therapeutic efficacy and commercial success of monoclonal antibodies (mAbs) are tremendous, the design and discovery of new candidates remain a time and cost-intensive endeavor. In this regard, progress in the generation of data des..

앞으로 내 연구 주제는 Nanobody Generative Model의 구축이다. 특히 Diffusion based의 모델해당 연구를 위해서는 nanobody보다 큰 분야인 Antibody generation을 연구해 볼 필요가 있다. 이를 위해 ML-based Antibody Generation을 위해 무엇을 고려해야하는지에 대한 깊은 insight를 줄 수 있을 법한 review 논문을 찾은 것 같아서 해당 논문은 조금 깊게 공부해보려고 한다. Progress and challenges for the machine learning-based design of fit-for-purpose monoclonal antibodieshttps://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35293269/ P..