벼랑끝 바이오 매드 컴퓨터 사이언티스트

먼저 죄송하지만 천박하게 욕좀하고 시작하겟다 십.. 난 안그래도 마이크로소프트에서 만든 소프트웨어에 불쾌감을 가지고있는 사람이었는데 논문 제출을 위해 최근 반 강제로 Word프로그램을 사용하게 되면서 더욱 확고히 마-소를 싫어하게 됐다.. 장담컨대, 윈도우라는 GUI 환경을 제공해줬고 선점효과를 누려서 대기업이 되었을 뿐이지, 만드는 것 전부 버그투성이에 버그대응 메뉴얼은 그냥 말도 통하지않는 MANAGER 딱지만 달고있는 종이인형들의 구글번역 & 복붙의 향연, 오히려 비슷한 불편을 느낀 블로거들이 버그에 대한 더 자세한 해결법을 알고있는 회사, 만드는 소프트웨어 족족 이걸 쓰라고 만든건지 열받으라고 만든건지 모르겠는 불편함을 유저가 감수해야 하는 회사. 그게 마이크로소프트다. 각설하고.. 여기서부터는 ..

간단 요약 1. 모델이름 : HyperAttentionDTI 2. 저널 : Bioinformatics(IF 6.0 ~ 7.0) 3. Published date : 2022 / 02 4. BenchMark Datasets : DrugBank, Davis, KIBA 5. Main model architectures : Compound : chracterwise Embedding + stacked 1D-CNN Protien : chracterwise Embedding + stacked 1D-CNN Drug-Protein Cross-Attention Global Max Pooling 6. Interaction map idea : simple concatenation btw. drug, prot represent..

보통 list 타입의 데이터를 numpy로 변경하고자 할때 많이 마주치는 에러이다. temp = [1, 2, 3] # type == list 이라고 하자. 만약 list 타입의 temp라는 변수를 numpy로 변경하고자 한다면 numpy_temp = np.array(temp) 형태로 전달해야 한다. 그러나 혼동하여 numpy_temp = temp.numpy() 등으로 사용하는 경우가 있는데, 이런 경우에 당연히 리스트 타입의 데이터가 가진 메소드가 아닌 .numpy()가 동작할리 없기 때문에 위와같은 에러가 출력된다. 해결방법은 위에서 말한 것 처럼 np.array(listdata)형태로 코드를 수정해보자

파이썬 기본 라이브러리의 round() 메소드는 float 타입의 데이터에 대해 수행 가능하다. 위같은 에러가 나는 이유는 numpy package의 ndarray를 파이썬 기본 라이브러리의 round 메소드에 전달했기 때문이다. 해결방법은 간단하게 그냥 round()대신 numpy.round()를 사용하면 된다.

리눅스 서버를 이용해 작업을 하다보면 가상환경 저장과 관리가 너무 복잡해지는 것을 막기 위해 주로 하나의 sudo 계정에서 가상환경을 만들고 나머지 작업자들은 각자의 계정에서 sudo계정의 env를 activation해서 사용하게 된다. 그러나 처음 가상환경을 사용해보는 사람들에게 또는 새롭게 시스템을 구축한 뒤 sudo 계정의 가상환경을 각 개인 계정에서 사용하는 방법은 상당히 헷갈린다. 나도 어제 새롭게 A6000서버를 설치하고, sudo 계정의 가상환경을 내 계정에서 사용할 수 있도록 하는 과정에서 약간의 문제가 있었기에 이것을 해결할 수 있는 방법을 적어둔다. 1. 일단 가장 큰 문제는 sudo 계정에서 conda create 등으로 생성한 가상환경이 conda env list를 통해 확인했을 때..

리눅스에서 파일을 숨김으로 만드는건 파일명 앞에 .을 붙이는 것입니다. 따라서 숨어져있는 파일의 이름 앞에 붙은 .을 떼어버리면 숨김 해제가 됩니다. 그렇다면 필요한건 두 가지 기능입니다. 숨김된 파일 .test 파일 이름을 변경하는 기능 mv 다만, 리눅스 커맨드 기능에 익숙하지 않다면 mv기능을 사용하다 실수로 파일을 덮어씌워버리거나 엉뚱한 디렉토리로 이동시킬 가능성이 있으니 리눅스 커맨드에 익숙하지 않으시다면 반드시 아래처럼 진행하세요 예를들어 해제하고 싶은 숨어져 있는 파일 이름이 .test라고 가정합시다. 바꾸려는 파일이 존재하는 디렉토리로 이동 (cd 커맨드 사용, 반드시 해주셔야 합니다.) mv ./.test ./test로 파일의 이름 앞에 붙은 .표시만 뺀 이름으로 바꿔주면 됩니다. mv는..

해당 문제는 ndarray의 구간별 길이가 일정하지 않을 때 나타나는 문제다. 예를들어 [[2, 3, 4], [1, 2]] 처럼 첫번째 row는 3개의 column을 가지는데 두번째 row는 2개의 column만을 가지는 경우에 이러한 오류가 나온다. 해결방법으로는 이런 형태의 ndarray가 선언되는 부분에서 dtype=object를 주면 된다는데, 데이터 타입을 건드리는 것은 아마도 numpy의 모듈을 사용하지 못하도록 만들어 귀찮게 될 수 있기 때문에 나는 사용하지 않았고, stackoverflow를 참고하니 numpy 버전을 최신버전을 사용하지 말고 1.21쯤으로 낮춰보라하여 1.21.6버전으로 낮췄더니 해결되었다. User warning은 뜨지만 문제가 해결됐다면 장땡이다.

1. p-차 놈 (Norm) 일단 어이가 없지만 |A|는 ||A||와 같은 말이다. 이것 때문에 다시 공부할때 약간 혼동이 오더라 : Norm은 벡터공간에서 벡터의 '크기'를 측정하는 척도로 생각하자. 우리가 알고있는 2차원 공간상의 Euclidian distance가 바로 2차 놈이다. p-차 놈의 정의는 다음과 같이 내린다. $$||x||_p = \{\sum_i^k(x_{i})^p\}^\frac{1}{p}$$ 보통은 1차놈은 벡터 요소들의 절댓값의 합이고 2차놈은 Euclidian distance가 된다. 그 외 3차부터는 거의 사용하지 않는다. 예외로 무한차원의 놈을 사용하는데 딱히 실용적인 부분으로는 어디에 쓰이는지 기억이 가물가물한데 딱히 사용된 적이 없던것으로 보아 실무적인 부분에서 알 필요 ..

헛발질을 많이 했다.DLL load failed검색하면 가상환경 관련된 이야기들이 많이 나와서 가상환경가서 헛발질 많이 했는데 나의 경우는 그냥 이거 해주니까 해결됐다.당연하지만 pip니까, conda 가상환경을 꼭 켜고 실행해야된다. conda 가상환경이 뭔지 모르겠으면 실행하지 말고 가상환경부터 공부하고 실행하자!pip install -U Pillow<..

24년 7월 수정..이제 ChatGPT에서도 해당 기능을 무료로도 이용 가능하다. 더이상 어렵게 해당 사이트를 사용할 이유가 없어졌다. 근데 ChatGPT가 Table까지 되는지는 모르겠다.==================================== 논문을 쓰거나 참고하다보면 내 노트에 인용해서 적어두고 싶은 수식을 발견하거나, 최근에는 ChatGPT에 물어보고 싶은 수식을 발견하게 된다.그러나, 논문에 올라와 있는 수식은 대개 이미지고, 혹여 글로 써준 부분이 있어도 막상 복사 붙여넣기하면 전혀 엉뚱한 기호로 나타나는 경우를 많이 보았을 것이다. 그렇다고 LaTeX에 익숙하지 않은 우리가 하나하나 기호를 찍어가면서 LaTeX 식을 만들자니 이만큼 비효율적이고 귀찮은 작업도 없고, 당연히 그냥 대충..