벼랑끝 바이오 매드 컴퓨터 사이언티스트

가끔 conda 라이브러리에 등록되지 않아 pip로 설치해야하는 모듈들이 있다. 이럴때 conda 가상환경 아래가 아니라 본체 pip에 설치될까 조심스러워서 설치하기 어려운 경우가 있다. 만약 본인의 가상환경에 pip가 이미 설치되어 있다면 아래 코드로 확실하게 conda환경 아래에 설치가 가능하다. conda activate 본인 환경 /home/YOUR_BASEDIR/anaconda3/envs/본인 환경/bin/pip install package-name 또는 가상환경에 pip가 설치되어있지 않다면 먼저 아래 코드로 가상환경에 pip를 설치해준 뒤 위 코드를 실행하자. conda activate 본인 환경 # 1. conda 가상환경 activation conda install pip # 2. act..

https://github.com/matterport/Mask_RCNN/issues/2510 failed to run cuBLAS routine: CUBLAS_STATUS_EXECUTION_FAILED while training during Epoch 1/1 · Issue #2510 · matterport/Mask_R Error Logs Epoch 1/1 C:\Users\DanielSun\PycharmProjects\FRC-opencv-python\venv\lib\site-packages\skimage\transform\_warps.py:830: FutureWarning: Input image dtype is bool. Interpolation is not defi... github.com 해당 답변을 ..

안그러면 아래와 같은 형태로 export된다. 그리고 rdkit object에는 바로 str변환이 불가능한 것 같다. 다음처럼 .ToBitString()이라는 메서드로 한번 변환한 뒤에 str()으로 감싸서 변환해주자. def bitvect_to_str(bitvect): temp = str(bitvect.ToBitString()) temp = "\t".join(temp) return temp # Apply the function to convert the 'MorganFingerprint' column to a list of 0s and 1s df['morgan_fp_r2'] = df['morgan_fp_r2'].apply(bitvect_to_str) # Now the 'MorganFingerprint'..

한줄 요약 : 이상한 형태로 batchify가 되는 데이터의 타입을 확인해보고 nd.array가 아니라 list라면 nd.array로 변경하자. class ProteinSequenceDataset(Dataset): def __init__(self, df, tokenizer): self.df = df self.tokenizer = tokenizer def __len__(self): return len(self.df) def __getitem__(self, item): p = self.df.iloc[item]['Target Sequence'] s = self.df.iloc[item]['SPS'] d = self.df.iloc[item]['SMILES'] p_v = protein2emb_encoder(p) #..

VS Code에서 터미널 명령어 실행하려 할 때 터미널이 PowerShell로 설정되어 있으면 곤란하다. CMD로 변경해서 사용하자. 1. Ctrl + ,(쉼표) 눌러서 세팅을 들어간다음 'default profile'을 검색하자. 천천히 내려서 Terminal > Ingegrated > Default Profile : Windows 설정을 찾는다. 2. Power Shell로 default 설정이 되어있거나 다른 설정이 되어있을텐데, 이것을 Command Prompt로 변경해준다. 3. 다음 VS code를 한번 재시작하거나 터미널 콘솔창 오른쪽 상단의 휴지통을 한번 눌러주고, 다시 Ctrl + shift + `(숫자1 왼쪽) 입력해서 실행해보면 cmd로 설정된 터미널이 열리는 것을 확인할 수 있다.

torch의 nn module 내부의 loss function을 이용해서 loss를 구할 때에는 반드시 input의 type을 float으로 수정해준다. # 이하 코드는 input의 type이 int(long tensor)였기 때문에 이러한 에러가 난다. 따라서 input에 .float()를 붙여서 float type으로 바꿔주면 문제없이 실행이 된다.

한줄로 정리한다 Ctrl + M키를 눌러본 뒤 다시 한번 츄라이해보자. 당신 혹시 MobaXTerm을 사용하고 있다면 끄고 해보자...

모델 학습을 하다가 중간에 멈추는 경우 모델은 중단되었는데 전용 GPU 메모리는 할당된 채로 남아있는 경우가 있다. 자연스레 out of memory error가 발생하고 모델을 돌릴 수 없는데 torch.cuda.empty_cache() 함수를 사용해도 GPU 메모리가 지워지지 않는 경우가 종종 발생하더라. pip install numba를 입력해서 필요한 패키지를 설치해주고 다시 작성하던 노트북 파일이나 VS Code등으로 돌아와서 다음 코드를 입력하고 실행하자. !pip install numba from numba import cuda device = cuda.get_current_device(); device.reset() 아래와 같이 GPU 할당 메모리가 초기화 되는 것을 볼 수 있을 것이다. ..

1일 1마님 시리즈는 예제 코드를 하루에 하나씩 따라하면서 마님 라이브러리 사용에 익숙해지기 위해 만든 시리즈입니다! 간단하게 코드 + 코드 리뷰 + 실행 결과만 작성합니다! # 나만의 fucntion 만들기 def get_horizontal_line2graph(axes, function, x, width, color): result = VGroup() line = DashedLine( start = axes.c2p(0, function.underlying_function(x)), end = axes.c2p(x, function.underlying_function(x)), stroke_width = width, stroke_color = color, ) dot = Dot().set_color(color)..

1일 1마님 시리즈는 예제 코드를 하루에 하나씩 따라하면서 마님 라이브러리 사용에 익숙해지기 위해 만든 시리즈입니다! 간단하게 코드 + 코드 리뷰 + 실행 결과만 작성합니다! from manim import * class MoveToRectangle(Scene): def construct(self): plane = NumberPlane(x_range=[-5,5,1], x_length=8, y_range=[-4,4,1], y_length=6).add_coordinates() plane.shift(RIGHT * 2) vec1 = Line(start=plane.c2p(0, 0), end = plane.c2p(3, 2), stroke_color=YELLOW).add_tip(tip_width=0.2) vec1_n..